1、所覆盖的对象不同。
职工医疗保险是城镇所有用人单位，包括企业(国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等)、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加。乡镇企业及其职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员是否参加基本医疗保险，由各省、自治区、直辖市人民政府决定。
新农合必须是有农村户口才可以办理。
2、缴费主体不同。
职工医疗保险是指国家通过立法强制规定，用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，建立医疗保险基金。
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
3、缴费方式不同。
而医疗保险具有强制性，是单位和职工共同缴纳的，并需要缴纳时间达到一定的年限。
新型农村合作医疗是农民自愿参加，而且必须以家庭为单位整户参加，且需要每年办理参保缴费手续。
4、缴费标准不同。
职工基本医疗保险缴费和个人工资有关，按照相关规定的比例标准缴纳，分为几档可以选择，一般单位承担8%，个人承担2%。职工医保的缴费标准远高于新农合。
新型农村合作医疗的缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元，各个地方根据自身的情况来设置缴费的档次，不同的省市，因为经济水平的不同，缴费标准有所不同，具体金额可拨打当地社保局电话12333进行免费咨询。小保这里新农合今年缴费是150元。
5、报销比例不同。
职工基本医疗保险参保人拥有个人账户，定期会有费用划入，报销比例较高，有起付标准，限额较高，医疗费不封顶。职工基本医疗保险参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
新型农村合作医疗没有个人账户，报销比例也比职工基本医保要低，限额较低，并且是一年一参合，参合本年度享受的报销。
6、报销范围不同。
新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，到市级以上医院报销比例相对社保较少，但两者都是随着医院的级别升高而降低。
以上都和所在省份不同而不同，具体标准可到本地详细了解。
综上所述新农合是覆盖农村的，缴费标准和待遇相对比较低，而职工医疗保险是覆盖职工和退休人员的，报销比例和待遇水平也要远高于新农合，有条件的还是应该参加职工医疗保险。
值得注意的是由于职工医疗保险和农村合作医疗都属于国家政府部门统筹的政策，两者是不可以同时享受的，比如你生病了，你的发票只能报销一次，要么医保，要么新农合。据小保所知，这两个部门，都只收发票原件，绝对不要复印件。所以，同时入两份保险，必然浪费其中一个，建议你根据自身情况，停掉其中一个。
